Keinginan untuk mendirikan lembaga pendidikan tinggi Islam yang sudah dirintis sejak zaman penjajahan. Dr. Satiman Wirjosandjojo
di Pedoman Masyarakat Nomor 15 Tahun W (1938) pernah melontarkan
gagasan pentingnya sebuah lembaga pendidikan tinggi Islam dalam upaya
mengangkat harga diri kaum muslimin di tanah Hindia Belanda. Gagasan
tersebut terwujud pada tanggal 8 Juli 1945 ketika Sekolah Tinggi Islam
(STI) berdiri di Jakarta. Pada masa revolusi, STI ikut Pemerintah Pusat
RI hijrah ke Yogyakarta dan pada tanggal 10 April 1946 dapat dibuka
kembali di kota Yogyakarta tersebut. Pada bulan Nopember 1947 dibentuk
panitia perbaikan STI, yang dalam sidangnya sepakat mendirikan Universitas Islam Indonesia (UII) pada tanggal 10 Maret 1948 dengan empat fakultas: Agama, Hukum, Ekonomi, dan Pendidikan.
Sebagai wujud penghargaan Pemerintah bagi Yogyakarta sebagai kota revolusi, kepada golongan nasionalis diberikan Universitas Gadjah Mada (UGM)
yang diatur berdasarkan Peraturan Pemerintah No. 37 tahun 1950. Dalam
perkembangannya Universitas Islam Indonesia semakin berkembang pesat dan
memiliki 22 Fakultas cabang di Seluruh Indonesia. Sementara itu, kepada
golongan Islam diberikan Perguruan Tinggi Agama Islam Negeri (PTAIN),
yang diambil dari Fakultas Agama UII. Sehingga pada dasarnya UIN Sunan Kalijaga merupakan pecahan dari UII, dikarenakan pada saat itu terjadi peleburan Fakultas di UII
berdasarkan peraturan pemerintah yang melarang adanya Fakultas cabang.
Fakultas lain seperti Fakultas Kedokteran Universitas Islam Indonesia
(UII) kini menjadi Universitas Negeri Sebelas Maret (UNS) di Surakarta, Fakultas Ilmu Pendidikan menjadi Universitas Negeri Yogyakarta (UNY) dan masih banyak Fakultas yang lainnya yang menjadi Perguruan Tinggi pecahan UII tersebut. Sehingga saat ini UII
dan UIN Sunan Kalijaga telah terpisah menjadi institusi yang berbeda.
Berdasarkan Peraturan Pemerintah No.34 Tahun 1950. PTAIN memiliki empat
jurusan, yaitu Jurusan Dakwah (kelak Ushuludin), Qodlo (kelak Syari'ah),
dan Pendidikan (kelak Tarbiyah). Sementara di Jakarta, enam tahun
kemudian berdiri pula Akademi Dinas Ilmu Agama (ADIA) pada tanggal 14 Agustus 1957 berdasarkan Penetapan Menteri Agama No. 1 Tahun 1957.
Dalam rangka menjadikan PTAIN Yogyakarta dan ADIA Jakarta
lebih memenuhi kebutuhan umat Islam, maka dikeluarkanlah Peraturan
Presiden Nomor 11 tentang Pembentukan Institut Agama Islam Negeri (IAIN)
Al-Jami'ah Al-Islamiyah Al-Hukumiyah yang berkedudukan di
Yogyakarta, dengan PTAIN sebagai induk dan ADIA Jakarta sebagai fakultas
dari Institut tersebut. IAIN ini diresmikan pada tanggal 24 Agustus
1960 di Yogyakarta oleh Menteri Agama, K.H.M. Wahib Wahab dengan Prof. Mr. Sunarjo
sebagai rektornya. Perkembangan IAIN yang pesat menyebabkan
dikeluarkannya Peraturan Presiden Nomor 27 Tahun 1963 yang memungkinkan
didirikannya suatu IAIN yang terpisah dari pusat. Berdasarkan Keputusan
Menteri Agama Nomor 26 Tahun 1965, maka terhitung sejak 1 Juli 1965,
IAIN Al-Jami'ah di Yogyakarta diberi nama Sunan Kalijaga, nama seorang
tokoh terkenal penyebar Islam di Indonesia.
Secara kelembagaan, kini IAIN Sunan Kalijaga telah melakukan
transformasi menjadi Universitas Islam Negeri (UIN) Sunan Kalijaga
berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pendidikan Nasional dan Menteri Agama Nomor 01/0/SKB/2004 dan Nomor ND/B.V/I/Hk.001/058/04 Tanggal 23 Januari 2004, yang diperkuat lagi dengan Keputusan Presiden Republik Indonesia Nomor 50 Tahun 2004 Tanggal 21 Juni 2004.
Transformasi tersebut mendorong UIN Sunan Kalijaga melakukan pembenahan
dan pengembangan di berbagai bidang, termasuk bidang manajemen dan
akademik. Kerjasama dengan berbagai pihak baik dengan pihak di luar
negeri maupun di luar negeri juga sedang dibangun. Saat ini, juga sedang
dibangun fasilitas dan sarana perkuliahan yang didukung teknologi
informasi, sehingga diharapkan UIN Sunan Kalijaga akan menjadi cyber campus.
